M.Ö. 3000’e kadar giden bir geçmişi içine alan Bergama’nın bilinen en eski adı, Pergamon’dur. Perg(Berg):Dağ, tepe, yüksek, ulaşılması güç yer anlamına gelmektedir. Bu da, Bergama’nın Akropol tepesinde kurulduğunu ifade eder ve en eski Anadolu dillerinden olan Luvice’de anlamı budur.
Latince Pergamon, Fransızca Bergame, Türkçe ise Bergama olarak kullanılmaktadır.
Bergama, mitolojiye göre Heraklesin oğlu tarafından kurulmuş ve adını da Troya kahramanı Akhilleus’un torunu torunu olan Pergamos’tan almıştır.
Bergama hakkında ilk tarihi kayıt, Xsnephon’da bulunmaktadır. Xsnephon ordusunu Anadolu’dan Yunanistan’a geri götürürken bir süre konakladığı şehri Pers valisi Asidatis’ten almıştır.
M.Ö. 337 yılında Makedonya kralı Büyük İskender’in eline geçen şehir, Ipsos Savaşı’nda (M.Ö.301) Trakya hükümdarı Lysimachos tarafından işgal edilmiştir. Ancak Lysimachos Sardes’te kendikomutanlarından Philitairos’a yenilmiştir.Böylece 9000 talentlik savaş ganimetini elinde tutan Philitairos M.Ö.283’te başlayan ve 150 yıl süren Attaloslar krallığının temelini de atmıştır. Sırasıyla Eumenes I (263-241), Attalos I(241-197), Eumenes II (197-153), Attalos II (153- 138) Hellenistik başkent Bergama’da hüküm sürmüştürler.
I.Attalos’un, haraç isteyen Galatlar’ı mağlup etmesinin arkasından II Eumenes’in; III. Antiochos’u yenerek Apameia Anlaşmasıyla (M.Ö.188) Bergama Krallığı’nın sınırları Marmara Denizi kıyısından Akdeniz’e kadar uzanan ve Antalya’yı da içine alan genişçe bir coğrafyaya kadar yayılmıştır. Böylece siyasi açıdan en güçlü dönemini yaşayan Bergama Krallığı bilime, sanata ve kültüre yönelmiştir. Athena Tapınağı, Helenistik Dönem’in en dik tiyatro yapısı, 200 bin rulodan oluşan Kütüphane, Heroon, Bergama Heykeltıraşlık Okulu’nun ürettiği barok tarzdaki Zeus Sunağı, Dionysos Tapınağı, Demeter Kutsal Alanı, Saraylar, Stoalar, Agora, Gymnasion ve Peristylli yapılar bu dönemin en seçkin örnekleridir.
III. Attalos (M.Ö. 138-133) bir vasiyeti ile Bergama Krallığı’nı Roma İmparatorluğu’na bırakınca bu sülalenin Bergama’daki hakimiyeti sona erer.
Roma Dönemi’nde kültürel ve bilimsel hayattaki öncü rolü devam eden Bergama; 160 bine ulaşan nüfusu ile antik dünyanın sayılı metropollerinden biri haline gelmiştir. Roma’nın Asya Eyaleti’nin başkenti olmuştur ve kente Néocore, yani ‘‘Mabetler Muhafızı’’ ünvanı verilmiştir.
Antik kaynaklarda ‘‘Ölümün Yasaklandığı, Vasiyetnamelerin Açılmadığı Yer’’ olarak anlatılan, Sağlık Tanrısı Asklepios’a adanarak M.Ö. IV. yy’da kurulan ve M.S. IV. y.y’a kadar ünlü bir tedavi merkezi olarak etkinliğini sürdüren Asklepion, M.S. II. yüzyılda Mısır tanrıları adına inşa edilen ve bugün Kızılavlu olarak bilinen Serapion Tapınağı, Traian Tapınağı, Amfitiyatro, su kemerleri, hamamlar, taş köprüler, Tiyatro gibi seçkin eserleri ile döneminin mimari, planlama ve mühendisliğinin en önemli örnekleridir.
Bergama, M.S.395 yılında Roma İmparatorluğu’nun ikiye bölünmesinden sonra XIV. yüzyıl başlarına kadar Bizans idaresinde kalmıştır. Şehrin refah ve imar durumu her ne kadar küçülmüş ise de Bizans’ın Asya Eyaleti’nde kalan dört büyük metropolinden biri olmuştur. Bizans döneminde önemli bir hristiyanlık merkezi konumuna gelen Bergama’da ilk yedi kiliseden biri kurulmuştur.
1301 yılında Osman Gazi Koyunhisar’da Bizans Generali Musallon’u yenince, Bergama’da bulunan Bizans imparatoru Bandırma’ya çekilmek zorunda kalmıştır. Bu idare boşluğunu değerlendiren Karesioğulları, aynı yıl içinde şehri ele geçirmişlerdir.
Bir zamanlar servet ve ihtişam diyarı olan Bergama’yı harap halde bulan Karesioğulları, Türk nüfusunu çoğaltmak ve şehri yeniden imar etmek için büyük gayretler sarfederek, ilçeyi Balıkesir’den sonra beyliğin ikinci merkezi konumuna getirmişlerdir. Bu döneme ait olduğu düşünülen Selçuklu Minaresi halen ayakta kalabilmiş tek eser olması bakımından oldukça önemlidir. Anadolu Selçuklu eserlerinde görülen patlıcan moru, firuze renkli sırlı tuğlaların yanı sıra, sarıya kaçan yeşil renkli sırlı tuğlalar minare gövdesinde kullanılmıştır.
Karesioğullarının kurucusu Karesi Bey oğullarından Yahşi Han’ı Bergama ve Gölmarmara taraflarına emir olarak tayin etmiştir.
Seyyah İbn-i Batuda, Anadolu seyahati sırasında Bergama’ya da uğramış (1333), şehrin kuvvetli kalesi ve Şücaüddin Yahşi Han’dan söz etmiştir. Yahşi Han Anadolu’da deniz kuvvetleri olan Türk beylerinin en cesurlarından olduğu Ege Denizi’nde Rumlar ile sürekli mücadelelere giriştiği ve onları mağlup ettiği bilinmektedir.
Balıkesir beyi olan Demir Han’ın idaresinden şikayetçi olan halk, Hacı İlbey ve Ece Bey adlı vezirleri Orhan Gazi’ye göndererek Dursun Beyi emir yaptığı takdirde şehri kendilerine teslim edeceklerini bildirmişlerdir. Bunun üzerine Orhan Gazi kuvvetleri ile Dursun Beyi yanına alarak Balıkesir üzerine yürüyünce, Demir Han Bergama Kalesine kaçmıştır. Dursun Bey, kardeşi Demir Bey ile anlaşmak üzere kale önüne geldiğinde, oradan atılan bir ok ile öldürülmüştür. Kabrinin halk arasında Kız Türbesi olarak bilinen yer olduğu rivayet edilmektedir.
Bu olay üzerine Orhan Gazi -başta Bergama olmak üzere- Balıkesir, Edremit havalisini ele geçirmiş ve Demir Han’ı yanına alarak, Bursa’ya dönmüştür. Daha sonra Murat Hübavendigar, Karesibeyliği’nin ilhakını tamamlayarak Bergama’yı Bursa’ya bağlamış ve gelişmesini hızlandırmıştır.
Türk Dönemi ile birlikte Bergama Kalesi yerleşim merkezi olmaktan çıkmıştır. Şehir kalenin etekleri ve düzlük alanlara doğru gelişme göstermiştir.Bununla birlikte Bergama’daki etnik ve dini grupların yerleşim alanları Selinos Deresi’ne göre konumlanmıştır. Kale Tepesi’nin eteklerinde, Selinos’a kadar olan kısımda, Hıristiyan Rumlar ve Ermeniler yaşarken, Selinos’un karşı tarafında ise Yahudiler ve Müslümanlar yaşamaktaydı.
Yoğun bir imar harekatı başlatan Türkler ilk etapta Bergama Ulu Cami ve karşısındaki Tabaklar Hamamı, Selçulu Minaresi, Kurşunlu Cami ile Emir Sultan Cami ( Yıkık Minare) inşa edilmiş. Bu tür dini ve sosyal yapılar; kentte Türk-İslam şehrinin gelişme göstereceği alanın sınırlarının henüz 14. ve 15 yüzyıllarda belirlendiğini göstermektedir.
18.yüzyıla kadar birçok han, hamam, mescit, medrese, çeşme, sebil ve imaret gibi yapılar Osmanlı Devlet anlayışında hız kesmeden inşa edilmiştir. Diğer taraftan Taşhan, Çukurhan, Bedesten’de yoğun ticari faaliyetlerinin yanında Ahi teşkilatına bağlı loncaların üretim yaptığı Arasta ile Bergama ve çevresinin yüzyıllar boyunca Osmanlı döneminde refah içinde yaşadığını göstermektedir. 18.yüzyıldan itibaren tüm Anadolu’da olduğu gibi Bergama’da da ayanlık idaresi başlamış ve önce Arapoğulları, daha sonra Manisa’yı merkez edinen Kara Osmanoğulları idareyi ellerinde bulundurmuşlardır.
Kara Osmanoğulları Yeni Cami ile bitişiğindeki medrese odaları, Kara Osman Sebili, Acem ve Katır Han gibi birçok sosyal, dini ve kültürel yapı inşa etmişlerdir. Kuşkusuz bu dönemin en güzel temsilcisi Kara Osman Sebili’dir. Sebil; Türk Barok ve Rokoko üslubunun, zarif mermer işçiliğiyle, Edirnekari tarzda vazo içinden çıkan çiçek motifleri ve bezeme programının zenginliği ile inşa edilmiş ünik eserdir.
1841 yılında müdürlük olan Bergama 1867 yılında kaymakamlık statüsüne kavuşmuştur. 1873 yılına kadar Balıkesir’e bağlı kalan Bergama kısa bir süreliğine Manisa’ya ve 1875 yılında da İzmir’e bağlanmıştır.
Osmanlı egemeliği altında yüzyıllar boyu huzur içinde yaşayan ilçe, 12 Haziran 1919’da Yunan işgaline uğramıştır. Ancak Kurtuluş Savaşı’nın zaferle sonuçlanması ile 14 Eylül 1922 tarihinde işgalden kurtulmuştur.